| Place | State | Latitude | Longitude | Elevation (meters) | Elevation (feet) |
|---|
| Saupuka | Region Autonoma Atlantico Norte | 14.75 | -83.9166667 | 43 | 141 |
| Sausa | Region Autonoma Atlantico Norte | 14.6833333 | -84.6833333 | 59 | 194 |
| Saw Mill | Region Autonoma Atlantico Norte | 13.4 | -83.5666667 | | |
| Sebaco | Departamento de Matagalpa | 12.8511111 | -86.0994444 | 474 | 1555 |
| Sebaco Viejo | Departamento de Matagalpa | 12.85 | -86.1 | 473 | 1552 |
| Set Net | Region Autonoma Atlantico Sur | 12.45 | -83.4833333 | | |
| Set Net | Departamento de (historical) Zelaya | 12.45 | -83.4833333 | | |
| Seven Benk | Region Autonoma Atlantico Norte | 14.2 | -83.6333333 | 27 | 89 |
| Sicantal | Departamento de Chinandega | 12.7166667 | -87.3 | 41 | 135 |
| Siempreviva | Region Autonoma Atlantico Norte | 13.8666667 | -84.5166667 | 173 | 568 |
| Sih | Region Autonoma Atlantico Norte | 14.95 | -83.5333333 | 9 | 30 |
| Siksayali | Region Autonoma Atlantico Norte | 14.7333333 | -85 | 139 | 456 |
| Silvandera | Region Autonoma Atlantico Sur | 12.15 | -84.0833333 | 29 | 95 |
| Silvandera | Departamento de (historical) Zelaya | 12.15 | -84.0833333 | 29 | 95 |
| Sinkita | Region Autonoma Atlantico Sur | 12.9333333 | -83.5333333 | 4 | 13 |
| Sinkita | Departamento de (historical) Zelaya | 12.9333333 | -83.5333333 | 4 | 13 |
| Sinsin | Region Autonoma Atlantico Norte | 14.2666667 | -83.55 | 17 | 56 |
| Siquia | Region Autonoma Atlantico Sur | 12.7333333 | -85.0166667 | 155 | 509 |
| Siquia | Departamento de (historical) Zelaya | 12.7333333 | -85.0166667 | 155 | 509 |
| Sisi | Region Autonoma Atlantico Sur | 12.1 | -84.0333333 | 15 | 49 |
