| Place | State | Latitude | Longitude | Elevation (meters) | Elevation (feet) |
|---|
| Segura | Departamento de La Libertad | 13.9333333 | -89.2333333 | 472 | 1549 |
| Sensembra | Departamento de Morazan | 13.6666667 | -88.1666667 | 254 | 833 |
| Sensuntepeque | Departamento de Cabanas | 13.8666667 | -88.6333333 | 734 | 2408 |
| Sesori | Departamento de San Miguel | 13.7166667 | -88.3666667 | 184 | 604 |
| Shaltipa | Departamento de San Salvador | 13.6386111 | -89.1030556 | 895 | 2936 |
| Shan Shon | Departamento de Sonsonate | 13.7672222 | -89.6177778 | 663 | 2175 |
| Shucutitan | Departamento de Ahuachapan | 13.8333333 | -89.8333333 | 1246 | 4088 |
| Siberia | Departamento de La Libertad | 13.5666667 | -89.45 | 453 | 1486 |
| Sicahuite | Departamento de Morazan | 13.9166667 | -88.2666667 | 467 | 1532 |
| Sicahuite | Departamento de La Paz | 13.5 | -89.0333333 | 79 | 259 |
| Siete Principes | Departamento de Santa Ana | 13.9 | -89.5188889 | 889 | 2917 |
| Sihuapate | Departamento de Chalatenango | 14.0166667 | -88.8166667 | 187 | 614 |
| Sihuapilapa | Departamento de La Libertad | 13.5666667 | -89.5666667 | 336 | 1102 |
| Sincuya | Departamento de La Union | 13.35 | -87.9166667 | 43 | 141 |
| Singuil | Departamento de Santa Ana | 14.0666667 | -89.6333333 | 679 | 2228 |
| Sirama | Departamento de La Union | 13.355 | -87.9188889 | 71 | 233 |
| Siramita | Departamento de La Union | 13.4833333 | -87.8666667 | 16 | 52 |
| Sisimitepet | Departamento de Sonsonate | 13.75 | -89.7166667 | 394 | 1293 |
| Sitio de la Avanzada | Departamento de Cabanas | 13.85 | -88.7833333 | 497 | 1631 |
| Sitio de Los Nejapa | Departamento de La Libertad | 13.8919444 | -89.2727778 | 400 | 1312 |
